本文记录在服务器上安装基于 docker 的 rstudio 的配置过程

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docker images

下载 RStudio Server 镜像

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docker pull docker.1ms.run/rocker/rstudio:latest

启动容器

在50004端口启动rstudio容器

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docker run -d \
  --name rstudio_server \
  -p 50004:8787 \
  -e PASSWORD=<密码> \
  -e ROOT=true \
  -e USERID=$(id -u) \
  -e GROUPID=$(id -g) \
  -e TZ=Asia/Shanghai \
  -v /mnt/nfs_share/tlj/Project:/home/rstudio/Project \
  --restart=always \
  docker.1ms.run/rocker/rstudio

参数详解

  • docker run：创建并启动一个新的容器实例。
  • -d：后台运行容器
  • --name rstudio_server：给容器起个固定的名字 rstudio_server，方便后续管理（如停止、重启）。
  • -p 50004:8787：将服务器的 50004 端口映射到容器内部的 8787 端口（RStudio 默认端口）。
  • -e PASSWORD==<密码>：设置 RStudio 网页登录界面的密码。
  • -e ROOT=true：赋予默认用户管理员权限（sudo），允许在终端安装 Linux 系统软件。
  • -e USERID=$(id -u)：将容器内用户 ID 同步为宿主机当前用户 ID，解决 NFS 文件读写权限问题。
  • -e GROUPID=$(id -g)：将容器内用户组 ID 同步为宿主机当前用户组 ID。
  • -e TZ=Asia/Shanghai：将容器内的系统时间设置为北京时间（Asia/Shanghai）。
  • -v /mnt/nfs_share/tlj/Project:/home/rstudio/Project：数据持久化。将宿主机的 NFS 项目目录挂载到容器内的 /home/rstudio/Project中。这样即使删除了容器，代码和数据也会保存在服务器上，不会丢失。
  • --restart=always：设置容器在崩溃、Docker 重启或服务器重启后自动重新启动。
  • docker.1ms.run/rocker/rstudio：指定用于创建该容器的 RStudio 镜像名称。

查看容器启动日志

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docker logs rstudio_server

启动成功后，在浏览器输入 http://192.168.205.185:50004/ 即可出现登陆界面
用户名：rstudio
密码为自己所设置的密码

如果要添加新的启动参数并重启，需要先删除旧容器：

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docker rm -f rstudio_server

其他常用命令

查看正在运行中容器

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docker ps

重启/停止/启动容器

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docker restart rstudio_server
docker stop rstudio_server
docker start rstudio_server

把当前容器打包成新镜像

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docker commit rstudio_server tlj-rstudio

查看打包后的镜像

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docker images

安装常用包

安装 Linux 库

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sudo apt-get update
sudo apt-get install -y zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libglpk-dev

安装常用R包

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install.packages(c("tidyverse","BiocManager","devtools","ggpubr","Seurat"))
BiocManager::install(c("Signac"))

测试

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library(Seurat)
library(Signac)

常见问题

RStudio Initialization Error

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RStudio Initialization Error
jsonrpc error 1 (Unable to connect to service)

解决方法：不能直接把宿主机的目录挂在到容器内的 /home/rstudio

修改容器内的文件 Permission denied

解决方法：启动时添加以下参数，确保容器中的 uid/gid 与宿主机上的 uid/gid 一致，这样就有了写权限

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-e USERID=$(id -u) \
-e GROUPID=$(id -g) \

设置-e USER=tlj 不起作用

原因：容器的初始化脚本逻辑优先处理了 USERID 的修改（为了匹配宿主机权限），导致它强制重建了默认的 rstudio 用户，从而忽略了自定义的用户名参数。

解决方法：就用rstudio用户名就行，用户名不影响任何东西

R包提示缺少库文件

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unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/igraph/libs/igraph.so':
 libglpk.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方法：在 Rstudio 的 Terminal 正常使用 apt 安装相关库即可

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sudo apt-get update
sudo apt-get install -y libglpk-dev

参考

rstudio+docker项目官方指南：https://rocker-project.org/images/versioned/rstudio.html
docker镜像站：https://1ms.run/