【论文分享】CZ CELLxGENE-单细胞数据探索、分析与建模平台
个人推荐指数：⭐️⭐️⭐️ Chan Zuckerberg Initiative 简介Chan Zuckerberg Initiative（CZI）是由 Facebook 创始人 Mark Zuckerberg 和他的妻子 Priscilla Chan 于 2015 年创立的慈善组织。Priscilla Chan 是一位儿科医生，她对医学和科学的热情深刻影响了 CZI 的发展方向。CZI 的使命是”在我们的有生之年治愈、预防或管理所有疾病”，这一宏大目标推动了该组织在生物医学研究领域的大量投资。 CZI 的科学部门专注于开发开源软件工具和协作平台，以加速全球生物医学研究。其中，单细胞生物学是 CZI 重点支持的领域之一。CZI 认为，理解人体中每种细胞类型的功能是理解健康和疾病的基础。为此，CZI 投入大量资源支持人类细胞图谱（Human Cell Atlas）项目，并开发了一系列工具来帮助研究人员探索和分析单细胞数据。 CZ CELLxGENE 就是 CZI 在单细胞领域最重要的贡献之一。 CZ CELLxGENE 简介CZ CELLxGENE（发音为”cell-by-g...
【论文分享】OpenProblems-单细胞分析开放问题的定义与基准测试
个人推荐指数：⭐️⭐️⭐️⭐️ OpenProblems 简介OpenProblems 是一个社区驱动的开源基准测试平台，专注于单细胞组学分析方法的评估和比较。该项目由 Helmholtz Munich 和 Yale University 联合领导，获得 Chan Zuckerberg Initiative 的支持，相关论文于 2025 年 7 月发表在 Nature Biotechnology 上。 单细胞基因组学使得以前所未有的规模和分辨率研究生物过程成为可能。这些研究得益于创新的数据生成技术以及专门针对单细胞数据的新兴计算工具。随着单细胞技术的普及，新分析工具的开发也随之增加，截至 2024 年 2 月已有超过 1,700 种已发表的算法。因此，持续评估哪种算法在哪种情境下表现最佳变得越来越重要，以便为不断发展的领域提供最佳实践指导。 在许多定量科学领域，公开竞赛和基准测试通过按照已知标准评估最先进的方法来满足这一需求，遵循”共同任务框架”（common task framework）的概念。OpenProblems 正是这样一个持续更新的、广泛的、社区引导的平台，包含...
【Agent】Agent Skill 实战
在上一篇博客中，我们介绍了 Agent Skills 的概念和原理。本文将聚焦于实战，介绍如何安装 Claude Code、加载和使用 Agent Skills，并以官方的 skill-creator 为例，演示如何创建自定义 Skill。 Claude Code 安装Claude Code 是 Anthropic 推出的命令行工具，可以在终端中直接与 Claude 交互，是使用 Agent Skills 的主要方式之一。 安装 Claude Code 1npm install -g @anthropic-ai/claude-code 修改~/.claude/settings.json文件，使用中转站 12345678910111213141516{ "alwaysThinkingEnabled": true, "env": { "ANTHROPIC_AUTH_TOKEN": "sk-bHWPKD8Ns5", "ANTHROPIC_BASE_URL&...
【AI工具】K-Dense-AI 介绍
K-Dense AIK-Dense AI 是一家专注于构建自主 AI 科学家的公司，致力于将 AI 应用于真实的科学研究场景。他们开发了一系列开源工具，特别是围绕 Claude 的 Agent Skills 框架，为生物信息学、化学信息学、数据科学等领域提供强大的 AI 辅助能力。 官网：https://k-dense.ai/ K-Dense 的核心产品K-Dense 的核心产品是 K-Dense Analyst（也叫 K-Dense Web），这是一个多智能体 AI 系统，能够自主完成科学研究任务。它采用双循环多智能体架构（Planning Loop + Implementation Loop），可以进行深度研究、编码执行和专业写作输出。 K-Dense 提供三种使用方式： 方案 价格 特点 Open Source 免费 在本地运行，包含智能助手、专业写作、自主机器学习 K-Dense Web $50 免费额度 托管在云端，包含研究+专业写作、端到端数据分析 K-Dense Enterprise 定制价格 自定义部署、自定义能力和数据连接器 K-Dens...
【Vibe Coding】weekly-report
/weekly-report 命令用于根据 git 提交记录和上周周报，自动在项目主目录下的 weekly_report.md 文件中生成本周周报： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455---description: 根据 git 提交记录和上周周报，自动生成本周周报argument-hint: ""---# 任务: 自动生成本周周报请按照以下步骤生成本周周报：**第一步: 读取上周周报内容**1. 读取项目根目录下的 `weekly_report.md` 文件2. 找到最近一次的周报内容，记录其日期和工作内容3. 分析上周已完成的工作要点，避免重复**第二步: 获取本周 git 提交记录**1. 运行 `git log --oneline -20` 查看最近的提交2. 对比上周周报日期，筛选出本周新增的提交3. 对每个新提交运行 `git show <commit_hash> --s...
【吉他谱】天空之城
右手分解和弦：P4 (23)4 (23)4 (23)4 G调指法 变调夹夹2品 和弦级数对照： 1: G 2: Am 3: Bm7 4: C 5: D, D/#F 6: Em 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536371 5(D/#F) 飛機飛過天空 天空之城6 3 落雨下的黃昏的我們4 1 此刻我在異鄉的夜裡3 5 感覺著你忽明忽暗1 3 我想回到過去 沉默著歡喜6 3 天空之城在哭泣越來越明亮的你4 1 愛情不過是生活的屁2 5 折磨著我也折磨著你 4 1 港島妹妹 你獻給我的西班牙餡餅 2 5甜蜜地融化了我 天空之城在哭泣 4 1 港島妹妹 ...
【吉他谱】难忘的一天
右手分解和弦：P323123 C調指法 變調夾夾 1 品 和弦級數對照： 1: C 2: Dm 3: E 4: Fmaj7 5: G7 6: Am 1234567891011121314151617181920212223242526[前奏]6 6 2 2 5 5 1 14 4 2 2 3 3 6 66 2 5 6 陽光正溫暖 一直照進我心裡6 2 3 6 如果沒有你 怎麼會有我今天6 2 5 1 有時我會想起 和你經歷的故事4 3 3 6 那些情景在飛揚 甜蜜又感傷6 2 5 1 再次走過熟悉的地方 如今的你不知在何方4 3 3 6 6 你曾給我的溫暖感覺 依然在我心6 2 5 6 如果再見你 又是怎樣的情景6 ...
【论文分享】scAgent-基于LLM的通用单细胞注释框架
个人推荐指数：⭐️⭐️ scAgent 简介scAgent 是一个基于大语言模型（LLM）的通用单细胞注释框架，能够实现跨组织的细胞类型注释、发现新型细胞类型，并支持增量学习扩展到新细胞类型。该工具由浙江大学和哈佛大学的研究团队开发，发表于 arXiv（2025年4月）。 scAgent 的核心能力包括： 跨组织细胞类型注释：在 35 种人类组织和 160 多种细胞类型上实现高精度注释 新型细胞发现：能够识别参考数据中未见过的新型细胞类型（如癌细胞） 增量学习：高效学习新细胞类型，仅需少量样本即可扩展模型能力 批次效应校正：在存在批次效应的情况下仍能准确注释 scAgent 由三个核心模块组成： 规划模块（Planning Module）：基于 DeepSeek-R1 671B 大语言模型，接收用户查询和 scRNA-seq 数据，生成详细的执行计划。 动作空间（Action Space）：包含 scRNA 模型（scGPT）、MoE-LoRA 插件、增量训练工具和嵌入分析工具。 记忆模块（Memory Module）：存储数据集、嵌入向量和系统历史记录，支持高效的知识检...
【论文分享】CellWhisperer-基于自然语言的单细胞数据探索工具
个人推荐指数：⭐️⭐️⭐️⭐️ CellWhisperer 简介CellWhisperer 是一个多模态 AI 模型，它将转录组数据与自然语言相结合，使用户能够通过自然语言对话的方式探索单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据。该工具发表于 Nature Biotechnology（2025年11月）。 CellWhisperer 的核心功能包括： 自由文本搜索：例如”Show me tissue-resident T cells in the intestine” 回答关于细胞的各种问题：例如”What are these selected cells?”、”Which genes are highly expressed in these cells?” 基于转录组数据和 LLM 的生物学知识生成回答 CellWhisperer 由两个相互关联的 AI 模型组成： CellWhisperer Embedding Model（嵌入模型）：通过多模态对比学习，将 RNA 表达谱与其文本注释整合到一个联合嵌入空间中。训练数据包含超过 100 万个转录组及其自然语言描述...
【Agent】Claude for life science
前言Anthropic 近期推出了 Claude for Life Sciences，这是一套专为生命科学研究设计的增强功能。通过 Model Context Protocol (MCP) 连接器和桌面扩展，Claude 可以直接连接到科学家日常使用的数据源和工具，消除了在多个平台之间切换的需要，使研究人员能够获得跨越整个研发生态系统的洞察，从而加速发现进程，同时保持出版级别的科学严谨性。 本文将系统性地介绍 Claude for Life Sciences 的各项功能和集成工具。 相关概念回顾 MCP (Model Context Protocol) - 让 AI 助手连接外部数据和工具的开放通信协议标准 Connectors（连接器） - 基于 MCP 协议，通过云端服务器连接 Claude 与在线应用的远程集成 Extensions（扩展） - 基于 MCP 协议，在本地电脑上运行让 Claude 访问本地资源的桌面工具 Skills（技能） - 与 MCP 无关，是教会 Claude 处理特定任务的可复用指令包 关系总结：MCP 是底层协议，Connectors 和 ...
【乐理】和弦练习
和弦转换练习（穷举法）123451-2(C-Dm) 1-3(C-Em) 1-4(C-F) 1-5(C-G) 1-6(C-Am)2-3(Dm-Em) 2-4(Dm-F) 2-5(Dm-G) 2-6(Dm-Am)3-4(Em-F) 3-5(Em-G) 3-6(Em-Am)4-5(F-G) 4-6(F-Am)5-6(G-Am) 吉它各调和弦图
【乐理】C大调的六个常用和弦
音程 音程是两个音之间的音高差距。 音程用”度”来衡量,描述两个音之间的距离关系。 计算音程：CDEFGAB 这7个音按顺序循环排列，读了几个字母就是几度 举例: C到D = 二度 C到F = 四度 E到B = 五度 和弦定义: 由三个或三个以上的音，按照三度叠置关系结合而成，具有特定音响效果的音的组合。 三度叠置是指和弦的构成音之间，每相邻两个音都间隔三度音程。 举个例子: C大三和弦 (C): 根音: C 第二个音: E (C到E是三度) 第三个音: G (E到G也是三度) 为什么必须按照三度?而不是其他?1. 如果按二度叠置 (相邻的音): 例如: C-D-E 听觉效果: 非常刺耳、不和谐,像是音乐”撞车”了 这种组合在音乐理论中不被认为是和弦,而是”音簇” 2. 如果按四度叠置: 例如: C-F-Bb 听觉效果: 比较空洞,缺乏方向感 这种结构在现代音乐中有使用,但不是传统和弦的基础 3. 按三度叠置 ✓ 例如: C-E-G 听觉效果: 和谐、稳定、悦耳 既有丰富的色彩,又保持平衡 为什么三度最合适? 物理学原因: ...
【软件工程】SQL数据库指南
核心概念基本组成数据库 (Database) - 数据集合，如一个电商平台的所有数据 表 (Table) - 存储数据的基本单位，类似Excel表格 字段/列 (Column) - 表的属性 记录/行 (Row) - 一条具体数据 示例： 1234567学生表 (students)+----+--------+-----+--------+| id | name | age | gender |+----+--------+-----+--------+| 1 | 张三 | 20 | 男 || 2 | 李四 | 22 | 女 |+----+--------+-----+--------+ 主键 (Primary Key)唯一标识每条记录的字段，特点： 唯一性：不能重复 非空性：不能为空 稳定性：不要轻易改变 12345CREATE TABLE users ( id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, name VARCHAR(100), email VARCHAR(100)...
【论文分享】Biomni-一个通用生物医学智能体的简介和安装
个人推荐指数：⭐️⭐️⭐️ Biomni 简介Biomni 是一个通用生物医学 AI Agent。它包含三个部份：智能体（A1）、环境（E1）、LLM模型（R0） 智能体（A1） 是一个基于 ReAct，不断进行 “思考 -> 行动 -> 观察” 的智能体，整体上来说比较简单，也可以纳入反思过程，但默认不进行反思。 环境（E1） 是整个 Biomni 的核心，它包括： 工具库（Tools）：覆盖 17 个生物医学子领域的专用函数，包括基因组学、药理学、免疫学、分子生物学、癌症生物学、细胞生物学、文献检索等 数据湖（Data Lake）：约 80 个预处理的生物医学数据集，涵盖蛋白质相互作用、基因表达、药物-靶点关系、基因-疾病关联、GWAS、单细胞数据、sgRNA 等 软件库（Libraries）：预装的 Python/R 包和 CLI 工具，如 scanpy、biopython、gget、lifelines 等 Know-How 知识库：最佳实践、实验协议和故障排查指南文档 LLM模型（R0） 是 Biomni 团队基于 Qwen-32B 通过强化...
【Agent】Agent Skills 介绍
今年 10 月，Anthropic 推出了 Claude Skills 能力，在 Claude 网页端、API 以及 Claude Code等产品都可以使用。Claude Skills 解决了什么问题呢？一句话来讲，Claude Skills 是一种基于文件系统的、可复用的知识包，运行在 Claude 的沙盒虚拟机（VM）环境中，用于向 Agent 注入流程化、确定性的内部知识（SOP）的标准化方案。 什么是 Claude SkillsAnthropic 官方文档给出了 Agent Skills 的定义： Agent Skills are modular capabilities that extend Claude’s functionality. Each Skill packages instructions, metadata, and optional resources (scripts, templates) that Claude uses automatically when relevant.智能体技能（Agent Skills）是一种模块化的能力，用于扩...
【旅行】2025关于新马的记忆
咳咳，今天的小编是山今。因为Timo最近比较忙，我接到他任务来写一下游记捏！（我自愿做牛马！）（啊、其实接到这个活还蛮开心的，因为真的很久没写游记了；B哥说要“好好生活”，写游记也是完善旅游、甚至人生体验的一部分呢） 嗯，所以如上所见，我的写作风格就是非常的碎碎念，想到啥写啥咯（希望Timo不要检查的太仔细x） 好了，正片开始（说了那么多废话，真的不是在凑字数） Day 1首先，感谢李志，让我们有了这次出行；其次，感谢CFP，让我和Timo的花费有了出路、也少了很多冲突（其实本来是想蹭T的房费的捏）。于是，11.13日，我们乘坐同一班次（但差了300元的）红眼航班D7331出发前往吉隆坡。凌晨在浦东机场，Timo找到群友们拍了合照，而此时的山今因为正值生理期+不习惯熬夜，i人属性大爆发x 一个人在日料店先后点了28元的鸡蛋羹和98元的乌冬面套餐，吃完后就有精神咯！ [{"url":"http://img.tianlejin.top/2025-11/memory_about_malysia/1.webp","alt":"互动游戏：找Timo","title":""},{...
【Vibe Coding】init-proj
/init-proj 命令用于初始化一个新项目，包括创建 AGENTS.md 文件和配置 虚拟环境： 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858687888990919293949596979899100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120121122123124125126127128129130131132133134135136137138---description: 初始化项目，创建 AGENTS.md 并配置虚拟环境argument-hint: ""---# 任务: 初始化项目请按照以下步骤初始化项目：**第一步: 收集项目信息**在执行任何操作之前，必须先向用户询问以下信息：1. 请用户...
【Vibe Coding】read-project
/read-project 命令用于让 coding agent 快速了解项目并总结报告给用户，适合初次了解代码仓库 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738---description: 通过读取所有 README.md 和 AGENTS.md 文件以及近期git提交来熟悉项目开发进度---# 任务: 熟悉项目当前的开发进度你是一名新加入项目的资深工程师，你的首要任务是全面了解项目的当前状态、结构和开发进度。为了达成这个目标，请仔细阅读和理解下面提供的所有文档内容和代码变更历史。**第一部分: Agent 的能力与职责**首先，请阅读根目录下的 `AGENTS.md` 文件（如果存在），此文件包含了 **面向项目开发者** 的说明文档，以了解项目中的技术架构和代码规范等。**第二部分: 项目模块与概览**接下来，请通读项目中所有子目录及根目录下的 `README.md` 文件，此文件包含了 **面向项目使用者** 的说明文档。这将帮助你了解每个模块的具体功能以及整个项目的架构。**第三...
【Vibe Coding】auto-git
/auto-git 命令用于自动添加修改文件到工作区并提交： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970---description: 自动执行 git add、commit 和 push，遵循标准提交规范---# 任务: 自动化 Git 提交流程请按照以下步骤执行标准的 Git 提交流程：**第一步: 检查变更和分支状态**1. 运行 `git status` 查看当前变更2. 运行 `git diff` 分析具体改动内容3. 运行 `git branch --show-current` 获取当前分支名4. 运行 `git remote show origin | grep "HEAD branch"` 或 `git symbolic-ref refs/remotes/origin/HEAD` 确定主分支名称（通常是 main 或 maste...
【Linux】使用 tmux 保存和恢复会话
动机在日常开发中，我会使用 Tmux 来管理多个终端窗口和会话。而如果服务器重启，通常需要重新手动建立会话。tmux-resurrect 和 tmux-continuum 这两个插件的组合可以让你： tmux-resurrect: 手动保存和恢复 tmux 会话 tmux-continuum: 自动保存会话，并在 tmux 启动时自动恢复 两者结合使用，可以实现真正的”无缝工作”体验——即使系统重启，你的工作环境也能完整恢复。 安装1. 安装 TPM (Tmux Plugin Manager)首先需要安装 tmux 插件管理器： 1git clone https://github.com/tmux-plugins/tpm ~/.tmux/plugins/tpm 2. 配置 ~/.tmux.conf1vi ~/.tmux.conf 在末尾添加以下配置： 123456789101112131415161718192021222324252627# 插件列表set -g @plugin 'tmux-plugins/tpm'set -g @plugin &#...